职能型项目组织结构的优点是将同类专家归在一起可以产生专业化的优势并减少人员和设备的重复配置，成员有一个在他们具体专业知识和技能上交流进步的工作环境，技术专家可以同时为不同的项目效力，部门内比较容易沟通，工作效率高，重复工作少。这种组织结构的缺点是部门间沟通不畅，各部门往往为追求职能部门的目标而看不到全局目标，不以项目或客户为主，不注重与其他职能部门的团队协作，使整个组织具有一种狭隘性，致使责任不明确、部门间协作成本增大，当项目任务出现问题时，互相推诿与指责，解决问题速度缓慢。

　 　项目型项目组织结构

　　项目型项目组织结构的优点是项目团队成员被选拔而来，每一项目均拥有具备不同技能的独立人员为之全职工作，项目经理可以完全控制所有资源，上下沟通便捷、协调一致、能快速决策及响应，对客户高度负责，注重用户需求，有利项目的顺利实施。这种组织结构的缺点是设备、人员等资源不能在多个项目间共享导致该组织结构的成本低效；由于内部依赖关系强，导致与外界沟通不利；由于项目各阶段工作重心不同，极易出现专职人员忙闲不均，总体工作效率低下。项目结束后，项目成员将解雇，导致项目成员缺乏事业上的连续性和保障性。

　 　矩阵型项目组织结构

　　矩阵型项目组织在组织内既按履行职能的不同设立职能部门，又按项目任务的不同设立项目部门（项目负责人），项目负责人对项目结果负责，职能部门提供完成项目所需资源，二者共同发挥作用完成项目任务，该结构力求发扬职能型结构和项目型结构的优点，克服二者的不足之处。

　　矩阵型项目组织结构的优点是组织成员及相应设备属于职能部门，他们能够为适应项目的变化需要而在各项目之间流动，成员的基础核心职业技能及设备可供所有项目应用，从而能有效利用资源，减少重复和冗余。不同部门的专家可通过项目实施过程进行交流和合作，信息传递迅速，发现问题及时，反应迅速。

　　这种组织结构的缺点是项目团队成员有两个汇报关系，若分配某个成员同时在数个项目中工作，这个成员就会有好几个经理，这会由于工作优先次序而产生不安和冲突。项目经理和职能经理在涉及到工作优先次序、项目中具体人员的分配、工作中的技术方案，以及项目变化等方面时有可能产生矛盾冲突，如果二者之间权力分配模糊不清，会因权力斗争而导致项目运行困难。