由于水利水电工程的复杂性，在工程建设过程中发生变更和索赔等均属合同有序管理的正常范畴，应认真按《合同条件》规定的程序公正、公平地及时予以处理以避免问题积累而增加后处理的难度。对于索赔事项还应及时作好当时记录以利于监理单位作出公正的决定。
《合同条件》吸取了国际和国内一些工程解决合同争议的经验，规定水利水电工程建设应建立合同争议调解机制，当监理单位的决定无法使合同双方或其中任一方接受而形成争议时，可通过由双方在合同开始执行时聘请的争议调解组或行业争议调解机构进行调解，以寻求争议的合理解决。
5 合同管理的主体——监理工程师
5.1监理工程师在合同管理中处于主导地位
法治倚重法治监督。合同之治，契约之理则倚重第三方(如监理工程师)的合同管理。合同双方均为平等主体，第三方的介入，有利于维持其关系的平衡，促进双赢局面的出现，实现合同的个体利益目标和公共利益目标。“FIDIC合同条款”确立的模式就是由项目业主分别与承包商、设备供应商等方面签订独立的合同，同时委托一家咨询公司对项目的实施进行合同管理，也即，既要有一个比较公正和严密的合同，又要有一个第三方(如监理工程师)的合同管理。“FIDIC合同条款”的多数条款涉及监理工程师的权力，把监理工程师置于合同管理的主导地位，从而使项目业主有可能把主要精力放在商务和社会活动上。“FIDIC合同条款”要求“工程师行为公正”，即充分听取双方意见，基于事实按照合同自行做出决定，不偏袒合同任何一方。“FIDIC”推荐业主和监理工程师之间按照《业主和咨询工程师之间协议书国际通行规则》签订合同。
中国水利水电施工“FIDIC合同条款”，即2000版《水利水电工程施工合同和招标文件示范文本》确立了与“FIDIC合同条款”精神、方向一致的模式(尽管存在一定差距)。
5.2监理工程师的主导地位主要通过信息管理予以保障
监理工程师的地位和权威主要通过信息管理有关规范予以保障。简单的说，监理工程师对项目合同管理有关信息的合同意义和合同效力起决定性作用。
比较典型的规范条款有：
——(20040101)《水利工程建设项目施工监理规范》(SL288-2003)规定(第37-38页)：
6.7.3通知与联络应符合下列规定：
1监理机构与发包人和承包人以及其他人的联络应以书面文件为准。特殊情况下可先口头或电话通知，但事后应按施工合同约定及时予以书面确认。
6.7.4文件的传递应符合下列规定：
1除施工合同另有约定外，文件应按照下列程序传递：
1)承包人向发包人报送的文件均应报送监理机构，经监理机构审核后转报发包人。
2)发包人关于工程施工中与承包人有关事宜的决定，均应通过监理机构通知承包人。
2所有来往的文件，除书面文件外还宜同时发送电子文档。
3不符合文件报送程序规定的文件，均视为无效文件。
——水利部水建管〔1999〕765号文件发布的《堤防和疏浚工程施工合同条件通用合同条款》第8.3款规定：“除专用合同条款另有约定之外(查证：没有)，承包人只从总监或8.1款规定的监理人员处取得指示。”
——水利部水建管〔2000〕62号文件发布的《水利水电土建工程施工合同条件通用合同条款》(GF-2000-0208)第7.4款“监理人的指示”规定：(4)除合同另有规定外(查证：没有)，承包人只从总监或上述第7.3款规定的监理人员处取得指示。”
——水利部水建管〔2000〕47号文件发布的《水利工程建设监理合同条件通用合同条款》(GF-
2000-0211)第7条规定：“发包人对工程项目实施的意见和决策，应通过监理机构下达实施；承包人应从监理机构取得工程建设的通知、指令、变更等各种工程实施命令。”
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