在工程竣工决算审计中，应明确以下几个方面为重点：
第一，核定施工工程量。核定施工工程量是工程竣工决算审计的关键。由于工程量的计算多且烦琐，图纸显示抽象，容易造成高估冒算，因此，一是要重点审核投资比例较大的分项工程，如混凝土结构梁、板、柱、楼板、钢结构以及高级装饰项目等。二是要重点审核容易混淆或出漏洞的项目。如：建筑工程中的内外墙体、面积应以实砌体积计算，要扣除梁、柱、门、窗体积，在实际施工计算中施工单位往往不扣或少扣梁、柱的体积。三是要防止仪表、卫生器具、管道的阀门已计入定额，施工单位又计入安装工程量。四是防止钢筋混凝土基础T型交接重复计算，以及梁、板、柱交接处受力筋重复计算等。
第二，审核材料用量及价差。材料用量审核，主要是审核土建工程三大主材及装饰工程、水、电、暖材料用量。材料量审核也是工程竣工决算审计的重要一环。由于市场材料价格不一且波动较大，因此材料价差的审核，特别是主材价差的审核更为重要。要认真审核材料的品种、规格、产地、质量是否符合设计标准和国家规范。材料价差应依照定额用量、实际消耗量和预算定额单价、实际单价分析计算，既不能遗漏，也不能重复计算。
第三，审核工程类别。对施工单位的资质和工程类别进行审核，是保证工程取费合理的前提。确定工程类别，应按国家规定的规范认真核对。
第四，审计工程定额的套用。定额套用审核要注意由于定额缺项或定额使用条件不符而发生的高估冒算、弄虚作假的问题。首先要审核决算中所列工程项目、规格、计算单位是否与所套用的定额相符，是否有错套现象。应重点审核价高、工程量较大或定额子目容易混淆的项目，保证工程造价准确。其次，在套用定额时注意相互之间的换算，如砌筑、混凝土标号的换算等，保证换算数据准确。
第五，审计主体工程以外的外网工程。在审核竣工决算时，对列入建安主体的水、电、暖与室外配套的水、电、暖外网工程，应分别审核，防止施工费用混淆、重复计算。
